在这一时期， 学校随着国家经济的动荡起伏，与共和国同呼吸共命运，历经了从初建、扩展、到调整、恢复的不断变迁，走过了曲折而艰辛的生存发展之路，全校教职工和全国人民一样，在极其困难的条件下，仍意气风发，斗志昂扬，培养了一批又一批国家急需的航运人才，更是造就出一种勤劳自强，坚韧不拨的海校精神，为应对日后学校更为曲折多难的发展历程，埋下了理想和信念的种子。

二、临危不乱 劫后余生
(1966年一1976年)
　　1966年，在中国大地上开始了“史无前例”的文化大革命，学校首当其冲，成了运动的重灾区。广大干部和教师成了批斗对象；校园内武斗、夺权乱象繁生；知识失去了其应有的价值和地位，各种教学设备、图书文献遭劫；学校内建起工厂、盖起仓库，满地工业垃圾，游泳池竟养起了鱼……。1968年10月，工宣队进驻学校，将全校教职工近二百人“一锅端”至奉贤海滨“上海市工交五七干校”。此后的三年，又教职工陆续被重新分配，化十余年心血初步建立的一支教职工队伍终究难逃被解散的厄运，上海海运学校名存实亡。
　　1968年，学校在极端困难的条件下与上海海运管理局共同接受了交通部下达的对40名越南航海、航空报务员的培训任务，学校组织仅存的少量教师，尽最大努力按时完成了这项政治任务。同年，无线电通讯专业63级、64级148名学生毕业，大部分进入上海海运管理局船队。
1970年，已被海军东海舰队上海基地军管的上海海运管理局，为解决船舶技术干部紧缺的问题,仿效部队办学模式，在学校开办“教导队”。同年10月，开办了第一期驾驶员短训班，学制三个月。1971年4月，“教导队”正式成立，下设驾驶连、轮机连、电讯连、政工连，1975年政工连更名为上海海运局政校，并增设船电连，学制3个月至一年，为“文革”中产生的一批工人驾驶员、轮机员、报务员、电机员及局属船舶、陆地政工干部等补习专业理论知识。“教导队”的开办，使一批有志于航海教育的干部和教师又得以重新聚集，客观上为劫后余生的学校保留了一线生机。
　　1975年，中央发布7.21最高指示，大力推广上海机床厂从工人中培养大学生的经验，全国各地如雨后春笋般地办起了以“七·二一”命名的工人大学。在此背景下，上海海运局“教导队”也由此更名为“上海海运局七·二一工人大学”，学校成为上海海运局船舶技术干部和船员培训基地。

　　十年动乱，尽管学校惨遭劫难，困难重重，但学校广大教职工从未动摇过对教育事业的孜孜追求。他们冲破重重障碍，忍辱负重，为上海海运局培养了一批又一批船舶技术干部，在文化大革命的一片乱象中，为确保国家海上运输大动脉的畅通，“把国民经济搞上去”，做出了非凡的贡献，同时也为中国航海职业教育事业的蓄势待发，保留了弥足珍贵的火种。

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