1960年，上海海运学院第一期建校工程完成，中专部由东昌中学迁入上海海运学院，当年招收新生367名。至1960年底，在校学生为865人，教师和教辅人员总数109人，师资队伍不断充实提高，在专业学科设置上，建立了航海学科、造船学科和共同学科3个学科，下设12个教研组，办学构架逐步规范，管理体制、机制和制度初步形成。
这一时期，除正规学历教育外，还为部队开办师资培训班，为远洋总局培训船舶报务员，并从58级中专学生中，保送81名品学兼优学生进入交通部部属水运学院继续学习深造。
1961年,根据交通部决定，“上海海运学院中专部”正式更名为“上海海运学校”，隶属国家交通部，同年9月学校被确定为交通部重点中等专业学校。当年学校招生9个班，并增设“港口机械专业”，在校生规模突破1000人。学校制定了“关心政治，尊师守纪，勤劳俭朴，艰苦奋斗”十六字校风。
　　1962年，在国家遭受三年自然灾害的背景下，中央提出“调整、巩固、充实、提高”的八字方针，学校进入全面调整时期。1962年当年就停止招生，“港口机械专业”停办，原该专业学生转入“船机修造专业”学习；同年，根据交通部指示，成立函授部。1963年“海船驾驶”和“轮机管理”专业停办，61级学生辍学，提前分配至上海海运局船舶和船厂工作。同年秋季招收“船舶无线电通讯专业”学生76人，函授招生地区扩大到大连、青岛、汉口等地。 1964年，根据国家教育体制调整要求，“船机修造”和“船体修造”两个专业学生与部分教师转入上海船厂，成立“船舶修理技术学校”，试行半工半读。
　　1964年，国家经济形势明显好转，为适应航运事业的发展需要，交通部对学校进行重新规划，拨款建设上海海运学校新校区，选址浦东源深路，第一期工程征地44亩，建筑面积14700平方米，并于同年开工。1965年7月，学校搬至新校区。
同年秋季，恢复“海船驾驶”和“轮机管理”专业，增设“船舶电气设备”专业，共招新生9个班，在校学生回升到500余人。同时，上海海运技工学校的“水手专业”和“机匠专业”三个班共136名学生并入上海海运学校，按原三年制教学计划继续学习。

　　为适应学校的办学规模，学校通过对师资结构调整，加强师资队伍建设，充实了一批既有大学学历又有实践经验的教师，使师资队伍在素质和数量上都有了很大提高。至1965年，在校教职工182人，其中教师、教辅人员79人。同时，学校在不断积累办学经验的基础上、努力健全各项规章制度、加强实验实训设备建设，学校又回到正常发展的轨道，并初具规模。

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